Das Dorf Nellingen als typisches Haufendorf auf der Albhochfläche gelegen und von der Europäischen Wasserscheide durchquert, wurde im 12. Jahrhundert erstmals urkundlich erwähnt.

1372 verlieh Kaiser Karl IV. für Nellingen das Marktrecht, sowie das Recht auf Stock und Galgen. Der jährliche “Jakobi-Markt” wird heute “als Nationalfeiertag” von der örtlichen Bevölkerung begangen und findet bei Besuchern aus Nah und Fern erheblichen Zuspruch.

In den Jahrzehnten vor und um 1400 kam Nellingen nach und nach in den Besitz der Reichsstadt Ulm und gehörte mit dieser noch zu Anfang des 19. Jahrhunderts einige Jahre zu Bayern. Nellingen war im 18. Jahrhundert ein Ulmisches Amt und verwaltete mehrere Nachbargemeinden mit.

Der 30-jährige Krieg brachte dem Dorf viel Unglück. 1634/35 starben hier 600 Personen an der Pest und an anderen Kriegsfolgen. 1688 zündeten die Franzosen das Dorf an und brannten es ganz nieder. Auch in späteren Jahren hatte die Gemeinde häufig unter Kriegslasten zu leiden.

Als wohl bekanntester Nellinger Bürger darf Johann Albrecht Widmannstätter (1506 – 1557) genannt werden, der als Humanist, sowie Kanzler von Niederösterreich und Domherr in Regensburg wirkte. Das bedeutenste Baudenkmal ist die heilige Andreaskirche in Nellingen welche eine spätgotische Barockkirche darstellt. Die gut erhaltene Holzdecke von 1492, sowie die Wandmalereien und die hochbarocken geschnitzten Türflügel verleihen der Kirche einen besonderen Akzent.

Zu Nellingen gehört auch der Weiler Aichen, der 1143 als Aichheim erwähnt wird. Aichen gehörte früher dem Kloster Kaisheim unter Helfensteinischer und seit 1482 unter Ulmischer Vogtei. Im Zuge der allgemeinen Gemeindereform wurde 1975 die Gemeinde Oppingen nach Nellingen eingegliedert. Oppingen ist ebenfalls im 12. Jahrhundert bereits urkundlich erwähnt. Der Ort war Althelfensteinisch, 1382 an Ulm verpfändet und 1396 verkauft. Oppingen gehörte bis 1649 zum Amt Amstetten, bis 1744 zum Amt Türkheim, danach zum Amt Nellingen.